سئو سایت پزشکی با توجه به معیارهای متعددی که گوگل برای این قبیل سایت ها در نظر دارد، با چالش هایی روبرو می باشد. در حالت کلی تمام سایت هایی که با سلامتی و جان انسان در ارتباط می باشد لازم است برخی استانداردها را رعایت کنند تا بتوانند در نهایت به جایگاه مطلوبی در سئو دست پید کنند.
علاوه براین، در این حوزه باید تلاش شود تا اعتماد کاربران را بتوان به خوبی جلب کرد، در غیر این صورت ترافیک مطلوبی به این سایت ها هدایت نمیشود. رقابت بسیار زیاد در میان سایت های پزشکی، چالش های موجود در تولید محتوای آنها از جمله مواردی هستند که می توانند مسیر رسیدن به رتبه های برتر گوگل را کمی سخت و پیچیده کنند.